隨著我國市場經濟的發展，涉及交通運輸業的代理經營形式迅速發展，如：物流業、聯運、分運、貨代等形式的交通代理經營方式隨之產生。這么多種形式的交通運輸業經營方式，一些納稅人往往不知如何正確繳納營業稅。
仔細分析，交通運輸業的代理可以分為以下幾種方式：
第一種是代理者與貨主簽訂代理協議，受貨主的委托，以貨主的名義與運輸企業簽訂運輸協議，并以貨主的名義與運輸企業結算運費，代理者向一方或雙方收取手續費。
第二種是代理者與貨主簽訂運輸協議，并與貨主結算運輸費用，具體的運營業務完全由代理者尋找其他運輸企業來完成，此即我們通常所說的貨代。
第三種是代理者與貨主簽訂運輸協議，并與貨主結算運輸費用，具體的運輸業務由代理者本身與其他運輸企業聯合完成，也稱為聯運。
第四種是代理者與貨主簽訂運輸協議，并與貨主結算運輸費用，代理者承攬了這筆運輸業務后，由于本身的運力不能單獨完成運輸任務，而分出一部分運輸業務由其他運輸企業來完成，并且分出的一部分由代理者向分運方支付運費，也稱為分運。
第一種形式是純粹的代理行為，應該按“服務業──代理”繳納營業稅，其計稅營業額為向一方或雙方收取的代理手續費收入。
第二種形式是按“服務業”納稅還是按“交通運輸業”納稅存在爭議。從其形式上看，代理者與貨主簽訂的是運輸協議，承諾代理貨物的運輸，從其表面上看按“交通運輸業”納稅似乎較符合政策規定。但從實際情況分析，代理者并不是交通運輸業務的提供者，其提供的只是中介服務，若按“交通運輸業”納稅，代理者稅負較重，難以承受。因此，對第二種形式的貨運代理仍按“服務業———代理”繳稅較為合理，其計稅營業額為其收取的代理手續費收入，而該貨運代理者應該使用服務業發票來收取代理手續費，而不應該使用交通運輸業發票。
第三種形式是代理者與其他運輸企業的聯合運輸行為，即聯運，應按“交通運輸業”納稅。所謂聯運是指兩個以上運輸企業完成旅客或貨物從發送地點至到達地點所進行的運輸業務。聯運的特點是一次購買、一次收費、一票到底。也就是說，貨主只對一個運輸企業（貨運代理者），運輸企業（貨運代理者）根據貨主的要求組織兩種以上運輸方式，完成旅客或貨物從發送地點至到達地點所進行的一種松散型聯合運輸形式。根據現行稅法規定，運輸企業從事聯運業務的營業額為其實際取得的收入。在確定貨運代理者運營業務計稅依據時，以收到的收入扣除支付給聯合運輸者的運費、裝卸費、換裝費等費用后的余額計算繳納營業稅。允許扣除的依據，以對方填開的運輸發票或稅務機關認可的抵扣憑據為準。
第四種形式實際是交通運輸業代理者從事交通運輸業的分運業務。該交通運輸業者與貨主簽訂運輸協議，承攬這筆運輸業務后，由于本身的運力不足或者時間的因素而造成不能在規定的時間內完成運輸任務，而分出一部分運輸業務由其他運輸企業來完成，并且分出的一部分由代理者向分運方支付運費，不與貨主發生任何關系。對于這種形式應該按照“交通運輸業”來納稅，且使用交通運輸發票來作為收取費用的合法憑證。對于這種經地方稅務機關批準使用運輸企業發票，按“交通運輸業”稅目繳納營業稅的單位將承擔的運輸業務分給其他運輸企業并由其統一收取價款的，以其取得的全部收入減去支付給其他運輸企業的運費后的余額為營業額。
還有一點要說明的是，對于第三種、第四種扣除支付給第三方的運費后作為計稅營業額的必須符合以下三個條件：
一是交通運輸業代理者必須本身參與該項交通運輸業務；
二是聯運合作方或分運方必須向該貨運代理者開具交通運輸業發票；
三是該貨運代理者必須將其接受的交通運輸業發票作為原始計賬憑證，妥善保管，以備稅務機關檢查。