生產企業出口退稅申報系統”最基礎最重要的工作是“基礎數據采集”，這一環節為整個后期數據的基礎，為了避免后期工作量反復，首先圍繞“基礎數據采集”講解大家在錄入中注意的問題。
一、在當月出口收入確認后，需要將相應金額從“出口貨物明細申報錄入”窗口錄入到出口退稅申報系統。
1、雖然此時公司都不能取得紙制報關單、核銷單，報關單中的內容不能預先知道，但此系統要求公司業務人員必須將報關單中內容預先告之財務人員，包括報關中條數、每條中商品碼、數量、金額、貿易形式等。如當月不能預先知道，后期收齊單證工作量翻倍。
2、預先知道報關單中的內容，在錄入時一定要按報關單中每一條數為一個序號錄入，在紙制報關單、核銷單未收齊時，只錄每一條數中商品碼、數量、金額、貿易形式，如貿易形式為進料對口，一定要錄入進料手冊號，進料手冊號未登記的同時在該月進行登記，報關單、核銷單號一定為空，單證不齊標志錄BH。
3、進料加工企業當月發生進料業務，手冊號必須進行登記。所附列的資料如屬當月實際進料但當月不能提供進料報關單復印件，在打印出的進料明細表上注明“缺關單”。
4、進料加工企業當月打印出的進料明細表，如果外幣不是美元而是其他幣種，因進料明細表只打印出外幣金額折合成美元金額，請企業在該筆外幣業務邊注明外幣金額，并將外匯匯率在備注欄注明，便于稅務局核對。當月出口收入如果外幣不是美元而是其他幣種，系統打印同樣會出現此種情況，處理方法如上。
二、當月有收齊前期單證錄入應注意問題。
1、當月有收齊前期單證，進入“收齊出口單證明細錄入”界面，如果前期出口明細按上述第一條規范錄入，只將該序號調出把空的報關單、核銷單號補錄，單證收齊標志錄BH即可。此時一定注意待報關單、核銷單全齊后一起錄入，可以提供其中一種不得錄入。
2、錄入報關單號，如一張關單有三項，在錄入時按三個序號分別錄關單號后加001、002、003三個項號加以區分，如一張關單只有一項后只加001。
3、如果前期出口明細未按上述第一條規范錄入，發現紙制報關單任何一個項目當時錄入錯誤（包括商品碼、數量、金額、貿易形式等），都不能在“收齊出口單證明細錄入”窗口改，要從“生成出口貨物沖減明細”窗口做原數沖減，具體操作是選擇需要沖減的序號，點擊右上紅字“沖減出口”確定后退出，再到“出口貨物明細申報錄入” 窗口，原數沖減以Z001為序號的負數金額體現在當月，再以Z002為序號將正確的數據錄入，沖減的序號不可序號重排。在做沖減時，不得錄入報關單、核銷單號，單證不齊標志一定要錄“BH“，以Z002為序號將正確的數據錄入，單證不齊標志空白。企業報關單以CIF價報關，確認出口收入需扣除相應運保費確認FOB價收入，也需從“生成出口貨物沖減明細”窗口做原數沖減，按上述步驟操作。
4、如果企業在錄入“收齊出口單證明細錄入”已經操作生成正式申報后，發現收齊出口單證明細錄入關單號、數據等有錯誤需退到“出口貨物明細申報錄入”修改，在“收齊出口單證明細錄入”窗口右上方點擊紅字撤銷接單，數據再行修改。
三、“生成出口貨物沖減明細” 窗口應注意問題。
1、不能隨意沖減，一定等到紙制單證報關單、核銷單全齊時，確屬申報有誤，方可按沖減程序操作。
2、沖減前期生成出口貨物，數據在當月反映，要以原申報數據進行沖減，不可更改，不可刪除。
四、生成預審數據，一致性檢查如出現疑點“報關單、核銷單號為空”可忽略直接生成預審數據。
五、大廳出口申報窗口預審后反饋FK文件，企業一定要進行操作，先讀入，可以進行“出口信息不齊情況查詢”，企業如果將報關單、核銷單號在“收齊出口單證明細錄入”錄入，單證收齊標志錄BH，預審后系統會自動審核，告訴企業該部分單證哪筆出口信息不齊；可以進行“預審疑點反饋情況查詢”有疑點如屬于企業錄入問題，企業一定撤消申報進行相應修改，否則正式申報后，還會通知企業到稅務局來重新修改；必須進行“稅務機關反饋信息處理”，此功能將預審反饋信息情況自動逐筆在收齊單證上注上標志，也是下一步進行正式申報的基礎。凡有單證不齊的需在系統中撤單，紙制單證也不要上交。
六、企業基礎數據準確后，在生成匯總表時，一定注意出口收入口徑與明細表一致，與增值稅申報表一致，自核一下表內邏輯關系。如果特殊情況，增值稅申報表已經網上傳送無法調整，在生成匯總表時出口收入因某種原因有調整，出現出口收入口徑與增值稅申報表不一致，差額會反映在匯總表C欄，企業可以申報，企業寫明差額產生原因，當月必須保證增值稅申報表中出口銷售額應與明細表、匯總表當月出口收入一致，差額統一在下月增值稅申報表當期數中調整。
七、增值稅改新的申報表后由于新表中對有率差的企業“免抵退稅不得抵扣進項稅額”反映在《增值稅納稅申報表附列資料》（表二）中，企業在進行出口申報時需增加提供《增值稅納稅申報表附列資料》（表二），便于審核。
八、生產企業出口退稅申報系統升級版后，系統增加有“單證收齊且信息齊全報表”可以分“前期單證收齊且信息齊全報表”和“當期單證收齊且信息齊全報表”2種，這2種報表相應合計數與匯總表中相應數據有對應關系。匯總表中單證收齊金額為系統自動生成，如出現不一致，企業應自查原因，不得用手改動�！扒捌趩巫C收齊且信息齊全報表”含多個月的單證時，在“前期單證收齊且信息齊全報表”中注明各月收齊金額，便于核對。
九、其他注意事項。
1、匯總表當月有應退稅額在下月內銷增值稅申報表15欄中反映。
2、每月底務必到三所領取反饋的匯總表（一式兩份）和免抵退明細表一份及正式申報反饋軟盤一張（有的地方地方申報反饋軟盤在正式申報時就可以直接反饋回來的），有進料加工的還應領取進料明細表和貿易免稅證明各一份。
3、正式申報反饋盤建的反饋文件夾路徑是：A: \fk05 (如果是所屬期6月份，文件夾是fk06, 以此類推。) 請在進行下一月的預審前，在申報系統里讀入此反饋信息。
4、下月征期申報資料時同時報送一張空白軟盤，并按照第2條的要求建立文件夾，以備正式申報反饋信息用，以此類推。